Immer ärgert Nils Holgersson die Tiere. Er ist ein richtiger Lümmel. Da geschieht etwas Seltsames: Ein Wichtel verzaubert Nils in einen Däumling. Er versteht nun die Sprache der Tiere. Als Akka und die anderen Wildgänse auf dem Flug nach Norden vorüberziehen, schließt sich ihnen die Hausgans Martin an - mit Nils und dem Hamster Krümel auf dem Rücken. Aber fast wäre die Reise schon am ersten Tag zuende gewesen...

Nils, Krümel und Martin sind bei den Wildgänsen nicht willkommen: ein Mensch und eine Hausgans und Wildgänsen - das kann nicht gutgehen! Doch Nils beginnt sich zu ändern: er hilft den Tieren! Erst rettet er Ingrid vor Smirre, dann bringt er zwei Eichhörnchen-kinder zu ihrer Mutter. Als er schließlich sogar Schloss Glimminge vor den grauen Ratten rettet, hat Akka ihn in ihr Herz geschlossen.

Beim Frühlingsfest der Tiere greift der Fuchs Smirre die Wildgänse an, er wird verbannt. Doch das Fest wird doch noch wunderschön, Nils und Krümel sind begeistert. Nils wird übermütig und geht in ein Haus, um dort zu essen, aber er wird entdeckt... In Karlskrona erleben Nils und Krümel eine spannende Nacht, in der sie König Karl begegnen, und der ist sehr, sehr böse auf die beiden...

Smirre lässt nicht locker, er verfolgt die Gänse weiterhin; überall taucht der rote Räuber auf. Dann findet Nils eine versunkene Stadt - kann er sie vor dem erneuten Untergang bewahren? Schließlich wird Nils auch noch von Krähen geraubt! Sie sollen ihn an Smirre ausliefern. Kann sich Nils aus dieser Not befreien?

Nils begegnet der Wetterhexe und bringt sie dazu, die Kinder Asa und Klein-Mats zu retten. Außerdem erfährt er, welche Gefahren seinen Freunden, den Tieren drohen: der große Vogelsee soll trockengelegt werden, ein Wald wird von Raupen vernichtet, im Bergwerksgebiet stirbt die Natur... Kann Nils auch bei diesen großen Gefahren helfen?

Nils hilft zwei Bettelkindern und ein hartherziger Bauer wird wieder ein richtig netter Mensch. Bei einem Studenten bekommen Nils und Krümel etwas zu essen. Durch einen Windstoß werden viele Blätter Papier durch das offene Fenster geweht, Nils beauftragt die Vögel der Stadt, die Zettel wieder zu bringen. Nils hilft auch noch bei den Eulen und den Schwänen und fliegt mit Bataki nach Dalarna zum Volksfest.

Fast hätte der Rabe Bataki Nils ein großes Geheimnis verraten: das Geheimnis der Kupferberge, die von Riesen bewacht werden...

Nils trifft im Zoo auf einen Adler, der erzählt, Akka hätte ihn aufgezogen. Er rettet ihn und fliegt mit Gorgo weiter Richtung Lappland.